انتخاب موضوع پایاننامه یکی از دشوارترین انتخاب‌های دوران تحصیل می‌باشد که دانشجویان کارشناسی ارشد و دکترا با آن درگیر می‌باشند. انتخاب موضوع پایان نامه با یک سؤال علمی شکل می‌گیرد، این سؤال باید به گونه‌ای باشد که:
۱. پاسخ به این سؤال هنوز مشخص نشده باشد که می‌تواند ناشی از دو حالت باشد:
الف) سؤال تاکنون مطرح نشدهاست.
ب) پاسخ به روشی چالش برانگیز مطرح شده که نتیجه‌ای در بر نداشته است.
۲. پاسخ به سؤال از قبل داده شدهباشد. برای پاسخ به سؤالات علمی، پیش فرض‌هایی مورد نیاز است که در تحقیقات قبلی پاسخ داده شده است. تحقیقی که بر پایه تحقیقات قبلی شکل بگیرد یک تحقیق علمی است. محقق می‌بایست حلقه تحقیقات قبلی را تکمیل کند.
مرحله اول: ملاحظات و نکات اولیه
علاقه مهم‌ترین بخش در انتخاب موضوع پایاننامه است که می‌تواند موجب انگیزه شود. موضوع را بر اساس علاقه انتخاب کنید تا در ادامه دلسرد نشوید. برای انتخاب موضوع پایاننامه وقت کافی در نظر بگیرید. مطالعه و تحلیل موضوع زمانبر است. در این زمینه می‌توانید با استاد راهنما و کسانی که قبلاً پایاننامه نوشته‌اند مشورت کنید.
مرحله دوم: بررسی و تحلیل نکات ظریف در انتخاب موضوع پایاننامه
الف) ارزشمند بودن
در انتخاب موضوع مورد علاقه، به ارزشمند بودن موضوع نیز توجه کنید. همه علایق انسان برای تحقیق و پژوهش مناسب نیست. موضوعی که در سطح ملی، منطقه‌ای و یا جهانی ارزشمند باشد مناسب‌تر است. موضوعی جدید و انحصاری را انتخاب کرده و توانایی‌های خود را در نظر بگیرید. امکانات فردی، قدرت تجزیه و تحلیل، توانایی تحقیق در جامعه آماری مورد نظر، توانایی تحلیل آماری و مواردی از این قبیل را قبل از شروع در نظر بگیرید.
ب) منطقی بودن
در انتخاب موضوع پایاننامه به ظاهر و فریبندگی آن دقت نکنید بلکه باید موضوعی منطقی و قابل انجام را برای تحقیق انتخاب کنید. تأکید بر کلمات زیبا و ظاهر بدون توجه به منطق در روند پژوهش دشواری‌هایی را ایجاد خواهد کرد. عنوانی ساده و منطقی بهترین انتخاب است.
ج) کاربردی بودن
در ارتباط با پژوهش‌های غیربنیادی، کاربردی بودن بسیار اساسی است. موضوعی انتخاب کنید که امکان استفاده از نتایج آن در کوتاه مدت و یا میان مدت وجود داشته باشد. پژوهش باید بتواند به حل یک نیاز کمک کند.
د) امکان تعریف سؤال یا فرضیه
موضوع انتخابی باید به شکل سؤال تعریف شده باشد تا بر اساس آن بتوان فرضیه‌ای بنا نهاد. موضوع پایاننامه ارتباط با سؤال‌هایی مشخص، عینی و هدفمند دارد که مطرح می‌کنید. در نظر داشته باشید برای پاسخ به سؤال‌ها باید راه حل علمی و روش مناسبی را پیشنهاد داد.
ه) امکان عملی اجرای پژوهش
انتخاب موضوع پایاننامه آغازی است برای انجام یک پژوهش. امکان اجرای پژوهش را در نظر بگیرید. برای این منظور مطالعات نظری و دستیابی به منابع تحقیق می‌تواند تأثیرگذار باشد. انجام پژوهش نباید با دشواری‌های غیرعادی همراه باشد.
و) شیوه‌های تحقیق
شیوه جمع آوری اطلاعات در زمان تعیین شده را در نظر بگیرید. آیا نیاز به توزیع پرسشنامه و یا مصاحبه با منابع مشخصی را دارید؟ امکان انجام پژوهش را به جهت روش تحقیق و وجود منابع متعدد بررسی کنید.
ز) امکان چاپ مقاله
اهمیت انتخاب موضوع پایاننامه هنگامی بیشتر می‌شود که قصد چاپ آن را داشته باشید. یک پایاننامه خوب می‌تواند در قالب مقاله چاپ شده و در ژورنال‌های بینالمللی انتشار یابد و برای دانشجو اعتبار زیادی به همراه بیاورد. چنانچه پایاننامه بتواند دانش جدیدی را تولید کرده و پژوهش‌های قبلی را تکمیل کند می‌تواند راهی برای انجام پژوهش‌های بعدی را به وجود آورد.
مرحله سوم: تصمیمگیری کلی
بر اساس معیارهای مرحله دوم یک فهرست از موضوع‌های مناسب را انتخاب کنید. بر روی تک تک موارد بررسی کرده و منطق را در نظر بگیرید. موضوعات دشوار و غیرقابل انجام را حذف کرده و دو یا سه مورد مناسب را انتخاب کنید.
موضوعات انتخابی را با توجه به منابع اطلاعاتی و وجود استاد راهنما بررسی کنید. چنانچه موضوع در تخصص و علاقه استاد راهنما باشد بسیار مناسب‌تر است. با اساتید راهنما مشورت کرده و در مورد موضوعات پیشنهادی مذاکره کنید. در این مرحله بهتر است از یک استاد راهنما برای گرفتن تأیید اولیه موضوع مناسب اقدام کنید.
محدوده موضوع نهایی را مشخص کنید و سؤالات تحقیق و یا فرضیه‌های مناسب را در نظر بگیرید. استاد راهنما باید فرضیه‌ها و سؤالات تحقیق را تأیید کند. پس از تأیید استاد راهنما می‌توانید موضوع انتخابی را نهایی کنید.
پس از انتخاب موضوع پایاننامه، روش تحقیق، جامعه آماری، شیوه نمونهگیری، ابزار جمعآوری اطلاعات، آزمون‌ها و روش‌های آماری، اجرای مرحله عملی، نگارش مشکلات و محدودیت‌های تحقیق و ارائه پیشنهاد برای تحقیقات بعدی از کارهایی است که می‌بایست تک به تک و با همفکری استاد راهنما انجام دهید.